《地下党人之谜》清仁调任江湾关副关长之后，立刻被这里的奢华糜烂气所迷惑，整日出入风月场，纵情酒色歌舞会，终于有一天他被列入了市委反腐的审查对象。在调查的过程中，一起奇怪的车祸使他重伤入院。当他的对手想要进一步加害他的时候，吕清仁却在医院附近的逃亡了，隔绝了省纪检委的侦查对象有了一个接到举报的海关走私案件，而吕清仁所掌握的资料就是吕从调任到江湾市后慢慢收集到的。
原来清仁到任初便意识到江湾的海关存在大量的问题，于是将计就计，忍辱负重，打入走私集团内部，从而掌握了海关人员走私团伙结的罪证，使政府得以查清窃贼，国家财产得以保护。